1、纳税信用评价将被扣分
根据《国家税务总局关于发布<纳税信用评价指标和评价方式（试行）>的公告》（国家税务总局公告2014年第48号）附件《纳税信用评价指标和评价方式（试行）》的规定，未按规定保管纸质发票并造成发票损毁、遗失的，扣3分。
2、罚款三万
根据《中华人民共和国发票管理办法》（令第587号）第三十六条规定，丢失发票或者擅自损毁发票的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款。
3、送你三个防丢锦囊
锦囊一：
财务部门建立《发票管理台账》，规范发票交接手续、流程及追责机制；
锦囊二：
建立发票开具审批流程，并在“发票开具申请单”注明经手人及具体经手时间；
锦囊三：
合同条款中约定接收发票人。