医院设有冠心病中心、心律失常中心、急重症中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血压中心、临床药理中心、血脂异常与心血管病诊治中心、内分泌与心血管病诊治中心、血栓性疾病诊治中心、特需医疗中心、成人外科中心、血管外科中心、小儿外科中心、术后恢复中心、麻醉中心、体外循环中心、放射影像中心、超声影像中心、核医学影像中心、功能检测中心、临床检验中心等临床和医技科室。
影响深远的国际交流
阜外医院立足“国际”心血管病医院建设，积极推进高水平、多层次国际合作。持续保持与加强同国际医学机构合作，组织参加或开展多项国际多中心临床研究。围绕服务“一带一路”战略，与沿线多个国家心血管医院签署合作协议，开展境内外发展中国家青年医生培养教育活动，推动“一带一路”沿线国家提高心血管病防治水平。积极扩大阜外品牌影响力，积极主办和引进高水平国际学术会议，中国心脏大会、中国血管大会等，吸引和邀请国际学者参会并发布国际研究成果。
优化社区卫生服务模式
自2009年起，阜外医院积极探索社区防治转诊模式，与北京多家具有代表性的医院启动合作与防治项目，与北京市五大城区卫生局签署了对口支援协议书，推行专家定期社区出诊，已形成北京市社区心血管疾病“前筛”、“后疗”和“健教”三个基地。2013年组织召开全国心血管病社区防治工作经验交流会，不断探索和完善心血管病防治健康管理服务模式。近年来，阜外医院与时俱进，探索以信息化为支撑的“互联网+智慧医疗”的新型干预模式，成功研发临床辅助决策工具，建立了针对患者和医生两个层面的综合干预管理系统，更好地适应基层医疗卫生机构高血压管理需要，提升慢病防控能力及水平。
全国基层高血压防治管理项目作为国家基本公共卫生服务重点项目之一，自2017年在中心成立项目办公室以来，先后发布《国家基层高血压防治管理指南》（2017版、2020版）和《国家基层高血压防治管理手册》，培训超过235万名医务人员（其中基层医务人员占80%）。通过新媒体传播途径向公众传播健康生活方式医学理念和方法，覆盖民众2500余万人。建立了一套相对完善的高血压评价体系，以统一的七级管理数据分析质控平台，推动基层管理质量“持续改善”。该平台已管理重点联系点地区的1.8万个基层医疗卫生机构的438万高血压患者。开发适合基层的高血压管理辅助诊疗工具（1.0版、2.0版），并通过持续开展降压效果调研评价工作，探索防控新模式。