王永钧长期从事肾脏病临床及研究，对中医经典和历代名家学术思想颇有研究。
王永钧带领肾内科团队，创建了IgA肾病从虚、瘀、风湿辨治体系，提出IgA肾病五型辨证新方案 。王永钧将中西医融会贯通，总结出了慢性肾病临床演变规律，发展了肾脏病中医辩证理论，提出“风湿致肾病”学说和“肾脏微症积”的肾微观辩证法，完善肾脏病中医微观辨证体系，应用源自中华文化的“象思维”，结合“审病—辨证—治病/证”的临床思维方法，拓展了“四诊”视野 ，在此指导下形成了一套分阶段辩证的方案和系列组方，并在临床、科研与实践中得以运用。
人才培养
学科建设
王永钧创建了浙江省个肾脏病内科，该科现已发展为浙江省医学重点学科（肾脏专业）、国家中医药管理局重点专科。
指导学生
截至2022年7月，王永钧已指导培养出数十位肾病学科的领军人物，包括5位肾病专/学科带头人，4位国家名老中医专家学术指导老师，5位浙江省名中医，12位杭州市名中医。王永钧曾任浙江中医药大学硕士和博士生导师，已指导培养博士8名、硕士21名，培养继承人6名，他们中多人分别获得中国中西医结合特殊贡献奖，中国中西医结合青年贡献奖，全国百名杰出中医等。
王永钧从开始得病之后的忐忑，甚至可以说是害怕，在过程中的心灰意冷，到偶遇中医，是中医让他重拾生命的希望。他感受到了疾病对身体的危害，也深刻感受到了中医的魅力，他萌生了学习中医的想法，在和家人沟通之后，就毅然决然辞去了财税局的工作，改行开始学医。
在1986年的时候，王永钧被调到了杭州市中医院上班，在这里他创建了中医肾病专科门诊。王永钧带领着自己的团队，开创了国内中医院多项，比如说个建立肾病实验研究室，个使用肾穿刺活检技术，个开展系统的肾病透析疗法等等。