北京大学第六医院门诊设有普通门诊、专家门诊、特需门诊、中西医结合门诊、神经内科门诊、多专家会诊以满足不同层次、不同问题患者的就诊需求;还设有进食障碍、成瘾行为、睡眠障碍、记忆障碍、行为分析治 疗、精神疾病康复咨询、心理、老年儿童等相关专业门诊，以满足就诊者对专科或特殊方向的咨询和治 疗需求。
健康教育和自助团体在精神康复中具有十分重要的作用，发动患者和家属参与到精神疾病康复的全过程是北京大学第六医院的医疗特色之一。多年来我院定期举办戒酒互助会(AA)、痴呆患者家属联谊会、精神分裂症家属联谊会、老年期痴呆家属联谊会、抑郁症患者自助团体、进食康复联谊会、强迫症患者生活发现会等活动。北京市孤独症儿童康复协会也挂靠我院，定期组织孤独症儿童家长培训班和家属联谊活动。以上团体组织的各项活动为改善患者生活质量，提高其社会功能和社区再适应奠定基础。
北大六院于2003年开始建立无抽搐电休克室，经过了十多年的发展，已经成为我院的重点科室之一，迄今为止，已经完成5万人次患者的，取得很好的效果。我院拥有一支具有丰富临床经验的MECT团队，包括：科主任1名，副主任医师1名，主治医师2名，麻醉科医师2名，主管护师2名，护师1名，护士1名。我院拥有世界一 流的仪器设备。
北京大学第六医院精神科的刘琦教授透露，根据国内的数十项研究估计，每1000个中国人中，有16个人患有重性抑郁障碍。在一年里，每1000个中国人中，会有23人患此病。值得特别关注的是，农村人口患有重性抑郁障碍的可能性（2.0％）高于城市人口（1.7％） ，女性患有重性抑郁障碍的可能性（2.3％）高于男性（1.4％）。