履约保函的风险源于承包人的违约行为，所以承包人防范的措施重点应该是认真履行合同义务并保留履约证据，防止违约行为发生。保留履约证据时应注意以下几点：
承包人应采用书面形式与发包人、监理工程师沟通;其次所有涉及书面的文件必须履行签字确认程序。这里包含两个需要注意的问题：
一是签字的人必须是合同中指定的发包人代表或项目监理工程师;
二是签写的时间必须是事件发生当时的时间，而不是签字当天的时间;第三承包人必须熟记合同中规定的时间限制，并认真执行。
承包人接收到保函索赔通知后，应冷静分析索赔原因，及时选择合法途径解决履约保函争议。首先，应与保函当事人进行沟通。与发包人沟通，力争消除双方误解，促使发包人撤回索赔文件或者放弃索赔权利。与担保人沟通，要求担保人严格审查索赔文件，合理谨慎地履行赔偿义务。其次，以发包人为被告提起诉讼，并申请诉前或诉讼财产保全措施，请求法院裁定通知担保人暂停保函项下赔付，待基础合同纠纷解决后，视生效判决或裁定结果决定终是否赔付，以避免给担保人或者承包人造成无法挽回的经济损失。但由于我国现有法律并没规定保函欺诈或不当索赔例外的规则，承包人只能依据民事诉讼法的相关规定提出上述请求，实践中法院是否作出上述裁定，有待其具体裁量。
履约保证金强调的是保证招标方的利益或投资者的利益，这种保证既可由中标的承建商承担，也可由第三方承担，但须招标方认可方为有效，由此产生第三方承担连带责任，因此具有替代性。当中标人违约时，中标人的赔偿责任由第三方承担。 为了平衡招标方和中标方的利益，《工程建设项目施工招标投标办法》第62条规定：“招标人要求中标人提交履约保证金或其他形式的履约担保的，招标人应当同时向中标人提供工程款支付担保。”
履约保证金必须游离在工程造价之外，只作为中标方违约时招标方损失的补偿，招标人必须是具备招标能力的法人，其建设资金已经到位，不能把履约保证金作为工程造价的补充。因此，履约保证金具有独立性，必须由双方认可的机构负责收缴、储存、执行和返还。