三格式化粪池是由三个相互连通的密封粪池组成，粪便由进粪管进入池依此顺流至第三池，其各池的主要原理：
池
主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
第二池
起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。
第三池
主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
三格的比例：
池和第二池的容积不同，对寄生虫卵沉淀的效果有一定影响。如果池的容积过小，粪便贮留的时间短，达不到粪便分解和沉淀的目的，粪便和虫卵可能进入第二池，不仪增加了第二池的负担，而且容易造成过粪管堵塞。如果第二池容积相对较小，粪便在第二池停留的时间短，则粪便无害化处理效果就差。三个池的比例一般应为2：1：3，池贮存20天，第二池贮存10天，第三池贮存30天。
化粪池有效深度为1000mm，多不少于900mm，加上化粪池的上部空间，池深约为1150mm。
清理化粪池作业人员规范：1、组织工作人员进入工作区域，熟悉工作现场，划分作业区域，进行现场作业培训与可发生性事故警告，按照公司施工保障制订一带五制度（由一名员负责监督五名作业人员作业）。
2、作业人员作业前须进行入场登记才准进入作业区域（未带帽，未穿防护服，未穿防滑鞋，未配带施工证），落实所有技术措施和人身防护用品，未经落实时不得进行施工。
3、作业人员应做到文明施工、自护、爱岗敬业、尽职尽责、不怕艰苦、乐于奉献、服从管理、听从指挥、不断提高业务技能。
清理化粪池正式施工：1、仪器检查化粪池内是否有毒气，在没有毒气的情况下组织车辆抽运化粪池内的漂浮物，漂浮物抽运完成后用污水泵将化粪池里面的水排出。
2、二次处理利用高压清洗车把沉淀的粪便及污泥稀释，把隐藏在化粪池底层的毒气排放出来，然后将化粪池内的污水排干，仪器再次检测池内是否有毒气。
3、作业人员系带、消防软梯、配带长管呼吸器下井作业。
4、将化粪池下面的沉淀物打包处理，利用电动升将设备升井，然后放入密封推车外运（这样可保证施工现场和外运路段的卫生问题）。
5、作业人员下井作业必须2小时更换一次（循环作业）。
6、清理标准：水面无漂浮物，池壁基本清洁，作业现场基本卫生保障。
7、外运要求：做到每天产生的垃圾进行装袋，运离施工现场，进行消纳。