三格式化粪池是由三个相互连通的密封粪池组成，粪便由进粪管进入池依此顺流至第三池，其各池的主要原理：
池
主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
第二池
起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。
第三池
主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
过粪管安装的位置关系到粪便流动方向，流程长短，是否有利于厌氧和能否有效阻流粪皮、粪渣、以及保持一、二池的有效容积，新鲜粪便进入粪池后，多集中在上层形成粪皮，然后逐渐疏松崩解，比重较大的下沉形成粪渣，粪皮与粪渣之间为稀粪液。寄生虫卵一般都集中在粪皮和粪渣中，因此，过粪管位置要放在寄生虫卵较少的中层粪液。过粪管位置较好的设置应分别斜插安装在两堵隔墙上：其中池到第二池过粪管下端位置在池的下1/3处，上端在第二池距池顶100mm左右：第二池到第三池过粪管下端位置在第二池的下端1/3或中部1/2处、上端在第三池距池顶100左右，过粪管与隔墙的水平夹角应呈60度。
清理化粪池作业人员规范：1、组织工作人员进入工作区域，熟悉工作现场，划分作业区域，进行现场作业培训与可发生性事故警告，按照公司施工保障制订一带五制度（由一名员负责监督五名作业人员作业）。
2、作业人员作业前须进行入场登记才准进入作业区域（未带帽，未穿防护服，未穿防滑鞋，未配带施工证），落实所有技术措施和人身防护用品，未经落实时不得进行施工。
3、作业人员应做到文明施工、自护、爱岗敬业、尽职尽责、不怕艰苦、乐于奉献、服从管理、听从指挥、不断提高业务技能。
清理化粪池正式施工：1、仪器检查化粪池内是否有毒气，在没有毒气的情况下组织车辆抽运化粪池内的漂浮物，漂浮物抽运完成后用污水泵将化粪池里面的水排出。
2、二次处理利用高压清洗车把沉淀的粪便及污泥稀释，把隐藏在化粪池底层的毒气排放出来，然后将化粪池内的污水排干，仪器再次检测池内是否有毒气。
3、作业人员系带、消防软梯、配带长管呼吸器下井作业。
4、将化粪池下面的沉淀物打包处理，利用电动升将设备升井，然后放入密封推车外运（这样可保证施工现场和外运路段的卫生问题）。
5、作业人员下井作业必须2小时更换一次（循环作业）。
6、清理标准：水面无漂浮物，池壁基本清洁，作业现场基本卫生保障。
7、外运要求：做到每天产生的垃圾进行装袋，运离施工现场，进行消纳。