人工清理要先用铁钩打开化粪池的盖板，然后搅散化粪池内杂物结块层，进行人工清掏。设备清理准备与化粪池容积相同的吸粪车，将吸粪管放到化粪池的内部然后启动开关，内部的化粪结块基本上完全被吸完，然后使用水管清洗化粪池内部，排出多余的污水，再清洗化粪池的设备以及工具，盖好盖板，井内无积物浮在上面保持出入口畅通，污水不会溢出地面，清理化粪池的工作就完成了
人工清理是目前为常见的一种化粪池清理方式。需要特殊工具，如胶水吸管、硬鹅毛刷等，并配合化学清洗剂使用。可以将化粪池内的垃圾等物质人工取出，再用硫酸、酸碱等化学药剂清洗，以达到除臭、清洁化粪池的目的。
机械清理是一种更加快捷的化粪池清理方式，相较于人工清理能够更加彻底地清理化粪池内的杂质和污垢。通过专业化粪车清理，清洗效果十分明显。不过，机械清理需要使用重型设备，而且操作难度较高，需要有一定的经验和专业技能。
长期不清理化粪池的危害：
化粪池是处理粪便并加以过滤沉淀的设备。其原理是固化物在池底分解，上层的水化物体，进入管道流走，防止了管道堵塞。化粪池长期不清理，首先就是分解之后产生的大量气体，其中有易燃易爆的甲烷和其他有毒、有异味的气体影响居住环境，还有隐患。而且异味问题会很头疼，谁都不愿意生活在满是秽物异味的环境里。
化粪池太久不清理会漏出来，化粪池长期不清理池底积累过量污物，有可能会渗到地底，污染地下水源，给周围的水系环境带来严重的破坏。也会漏出地面，影响生活起居和工厂作业。所以说要定期清理化粪池。