大家好，我是工商财税杨琪发.本公司专注企业服务十余年。承接资质办理。商标注册，公司注册注销，公司改制，公司外迁，公司变更代理记账等工商税务代理业务。

商业特许经营备案的办理流程如下：

1. 准备备案材料：商业特许经营者需准备包括商业特许经营备案申请书以及与特许经营活动相关的商标权、专利权及其他经营资源的注册证书原件彩色电子版。

2. 选择备案机关：若商业特许经营活动跨省、自治区、直辖市范围进行，应向特许人住所地的省级商务主管部门备案。若在省、自治区、直辖市范围内从事商业特许经营活动，则向特许人所在地的省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门备案。跨省、自治区、直辖市范围从事特许经营活动的，还可以向商务部备案。

3. 提交备案申请：申请企业向相关备案机关递交备案申请书及所需材料。

4. 特许人直营店定义：在备案过程中，应注意直营店是指特许人拥有的店铺，包括全资拥有和控股拥有，与特许人应属同一品牌、同一业务性质。关联公司的直营店在符合条件下也能认定为特许人的直营店。

综上所述，商业特许经营备案的办理流程主要包括准备相应的备案材料，根据经营活动范围选择正确的备案机关，并提交备案申请。直营店的定义及其认定标准对备案过程也有一定影响。需要注意的是，具体的备案流程可能会根据不同地区的实际情况有所差异，建议在准备备案时，提前咨询联系我们。