代理记账的收费方式也有不同，有的是按月，有的是按年。所以在进行了解的时候一定要确定方式，其实按年一次性缴纳费用，这种方法是比较划算的。
比如，公司的营业收入越高，公司的往来业务也就越多，代理记账公司为该客户公司承担的财务风险也越大。因此，企业日常经营过程中，财务来往所获得的收入情况，也是重要的考量。营业收入越高，代理服务费用也相应会越高。每月财务工作多且难度大，费用自然更高。
代理记账公司处理过程中遇到的公司应交税为负数的问题该怎么解决呢？一般来说，解决办法很简单。，增值税可以用于公司日后税务的抵押，一般可以不做处理。这其中还得分为两种情况。种呢，是少计提了税金，则必须由公司相关人员出面来补计提。第二种是多余的金额用以抵押日后的税金，要向有关部门即税局进行申请。
当然就是基本的接受委托人的委托请求之后确定了具体的服务项目，之后就是确定委托费用、签订委托代理合同以及建立客户的档案。