在功能分区上，综合来说主工艺流要根据工艺步骤和各工序的物特点进行功能分区，如细胞库区、工艺细胞库配置区、种子库、工作种子库制备区、原液区、纯化区，包装区等，并且要考虑不同的洁净级别，也是考虑不同的洁净级别区域划分布置的问题，还有就是产品有/性、细胞活性/非细胞活性、灭活/非灭活等情形进行一下分区。
①温度和湿度
根据药品生产要求，并保证药品的生产环境和操作人员的舒适感。A级和B级洁净区
温度20～24C，相对湿度45%～60%。有的工艺和产品有特殊要求，如粉剂产品有吸湿性，CEIDI西递降低相对湿度控制值；生物制品的质量受温度影响较大，对温度实施严格限定。
②静压差
洁净区与非洁净区之间、不同级别洁净区之间的压差不低于10帕斯卡。相同洁净度级别的不同功能区域(操作间)之间也保持适当的压差梯度，并设有指示压差的装置。洁净室(区)的空气维持一定的正压。易产生粉尘的生产区域，如固体口服制剂的配料、制粒、压片等工序的洁净室(区)的空气压力，与其相邻的室(区)保持相对负压。
现如今，随着技术的推动，生物医药行业正在迅速发展，越来越多的企业希望在此领域获得机会。然而，良好的地理位置、科学的区域规划以及设备升级和的基础设施才是创造成功的关键。因此，选择一个合适的生物医药行业厂房成为了企业操作体系中非常关键的一环。