针对这类富营养化问题突出的水体处理工艺，主要采用生态控制为主，人工控制为辅的方法来控制。首先通过不对称纤维过滤设备、光催化除藻设备和湖泊推流系统，除去湖泊水体中浮游藻类，同时在系统运行过程中，抑制湖泊浮游藻类的生长，必须保证浅水区清澈见底，其中浅水区要做到清澈见底，创造水生植被恢复的条件，在此基础上，恢复湖泊的沉水植被和挺水植被，沿湖泊浅水区种植沉水植物和挺水植物，不仅具有美化人工湖的功效，还能增加了人工湖的生物多样性，建立复杂而稳定的生物链，又减少了水体中存在的各种污染物，从生态上防止水体发生富营养化现象，同时沉水植物分泌化学物质来抑制藻类的大量繁殖，如金鱼藻、狐尾藻、苦草等就属于这类沉水植物。在湖心及周边设置4--10个生物浮岛，增加湖泊的景观效果，消减湖泊水体中N、P等营养盐，通过水生植物的化感作用，抑制水体中藻类生长，恢复湖泊洁净好氧生态系统，保持湖泊清澈、碧绿的景观效果。
优势
无需额外占用土地资源，占用河道面积小（每台仅占4.8m2），比人工湿地法可节省土地基建费用，缓解城市用地紧张；
无需人工操作、护理，系统可长期保持稳定运行，节省维护管理费用；
不使用，避免化学修复形成的“二次污染”；
见效快，充分提高水体溶氧量，增强水体自净作用，短期内（30d～50d）即可改善水体透明度；
美化河道景观，充分发挥水生植物去除重金属、氮磷营养盐能力，重建河道完整生物链，维持河道水体生态平衡；
具有高性价比的优势。河道修复成本在300万～350万元/km，修复治理完成后河道基本清澈见底，河水可以游泳。
用生物方法来处理景观水体
用生物方法来处理景观水是科学的,但也是复杂的。简单的说，就是模拟生态系统的结构，对食物链中的生物进行合理配置，从而使食物链中各个生物之间能相辅相成, 使整个生态系统越来越稳定,终达到净化水质的目的。一个完整的生态系统必须要有稳定的生产者、消费者、分解者。用生物方法来处理景观水体，就是模拟自然界中生产者、消费者、分解者的比例。水生植物就是景观水体当中的生产者，水生动物就是景观水体当中的消费者，微生物就是分解者。在实际运用当中，会结合项目本身需求，辅助搭配一些物理技术，以求更好的进行景观水处理。用生物方法来处理景观水会涉及到很多学科,像水生生物学、微生物学、水域生态学、水产养殖学等等重点学科，如何科学得将各学科运用到景观水处理当中，已成为景观水处理设计规划师的参照标准。
运用生物方法来处理景观水的优点是：适用范围广，大小面积水体都可以运用，系统稳定，无需更换，耗电量低，长期保持清澈，真正实现可持续发展，符合十八大建设生态家园的精神；缺点是工程复杂，技术性强，难度较高，需要专业队伍来打造。
后期操作
循环过滤法：过滤装置涉及到很多机械电器设备，需要专业人员进行操作和养护管理，景观水体中出现的藻类具有粘性，会造成设备的堵塞，需定期进行反冲洗。过滤出的垃圾需要清理，一般需要人工操作。
化学药剂法：投放化学药剂后，池内生成很多沉淀下沉，需经常清理池底。
跌水曝气法：曝气装置较易操作，但因该法对水体藻类与悬浮污染物无明显控制作用，需要专职人员对水面藻类进行打捞清理，操作较为繁复，同时需定期对水体进行更换，才可保持水质清洁，此法在运行阶段操作较为繁复，将消耗大量人力与财力。
气浮生化法：气浮产生的浮渣是高浓度垃圾（把水体污染物直接提取出来），虽然可以全自动化控制，按理应该进行无害化处理，现状都是直接冲入污水管，实际上是一种污染转移，给城市污水处理厂增添负荷。
生态系统净化法：设备运行可依靠微电脑控制箱操作，小巧简单，设置完成后无需人管理。水中污染物被微生物转化分解为氮气、水、二氧化碳等，不会产生二次污染。