如果不定期清洗太阳能热水器，那么它里面就会积累很多水垢。而这些水垢中含有多种化学成分，长时间过后，水中的有害物质就会不断增加，可能会导致使用者皮肤过敏。另外，粘泥、微生物、在长时间的不断更新与交替反应中，也会生成很多有害物质，从而引发多种皮肤病。
控制结垢有溶解、消除结垢和除垢两种方法，前者是通过对液体的预处理消除结垢，后者是对已经产生的结垢进行清除。 普通的除垢方法分化学方法和物理方法。 化学除垢处理是采用化学药剂使太阳能热水器系统中的真空管、管道和其他设备中的水垢溶解、疏松、脱落、具体的方法有碱洗耳恭听、酸洗、络合剂清洗、离子交换剂软化等。
积累残留在热水器中的水杂质对皮肤有害，敏感型肌肤的人用含有杂质的水洗浴还可能感染皮肤病。清洗热水器能清楚杂质，更加呵护您的肌肤；避免水垢积累过多，造成真空管热量难以散发而发生爆炸，定期清洗能大大降低爆炸事故的发生率。
静电除垢法：静电水垢控制器是利用一定强度的静电场进行水处理的设备。当水通过静电水垢控制器时，水在其电场的使用下产生极化，并使水偶极子的正极端趋向静电场的阴极，负极端趋向静电场的阳极，且按正负的次序被整齐地排列起来；当水中含有溶解盐时，这些盐类的正负离子就被若干水偶极子所包围，使其不能在水中自由游动，这样，这些溶解盐的离子就不能接触器壁，因而达到控制水垢生成的目的。