如果不定期清洗太阳能热水器，那么它里面就会积累很多水垢。而这些水垢中含有多种化学成分，长时间过后，水中的有害物质就会不断增加，可能会导致使用者皮肤过敏。另外，粘泥、微生物、在长时间的不断更新与交替反应中，也会生成很多有害物质，从而引发多种皮肤病。
控制结垢有溶解、消除结垢和除垢两种方法，前者是通过对液体的预处理消除结垢，后者是对已经产生的结垢进行清除。 普通的除垢方法分化学方法和物理方法。 化学除垢处理是采用化学药剂使太阳能热水器系统中的真空管、管道和其他设备中的水垢溶解、疏松、脱落、具体的方法有碱洗耳恭听、酸洗、络合剂清洗、离子交换剂软化等。
1.打开太阳能热水器进水口；
2.太阳能热水器除垢剂加入到存水箱；
3.自动热循环20-30分钟，使除垢剂溶液充分接触各部位；
4.打开排水口，排干清洗液；
5.将水箱加满水后再循环两分钟；
6.排干循环水，清洗除垢工作完成。
夏季水桶内的热水使用后应及时加满(放心加水，只要玻璃管内有水就不会爆裂的，玻璃管内的水是放不出来的，除非长期不使用也没有加水，玻璃管内的水都被蒸发掉了，这种情况下有太阳照射时是不能加水的)，这样可以降低水桶内的水温，减少结垢，如果没有水温、水温显示仪的话，建议加装一个，这样可以方便地查看水桶内的水温和水位情况。要尽量使水桶内的水温低于80度，60-70度，这样就不会产生水垢了。夏季洗衣服、洗碗等都尽量使用热水，然后及时加满自来水，以降低水桶内的水温。夏天如果水桶内的水温过高，可用防晒网或其它物品将玻璃管罩住，降低太阳的照射。