上海自贸区注册公司流程如下：
1、公司核名。创业者先要确定好公司类型，注册资本、股东及出资比例，公司名称等，然后提交公司核名申请。
2、提交工商注册材料。在上海自贸区注册公司，需要提交注册材料包含：公司设立登记申请书、公司章程、注册地租赁协议和房产证复印件、财务人员上岗证和身份证复印件、其他规定的注册材料等等。
3、领取营业执照。在公司注册材料通过审核后，注册者就可以按约定时间到工商局领取营业执照正副本了。
4、印章刻制。领取营业执照后，注册者还需要及时到公安局指定地点完成刻章备案工作。
5、开立基本账户。提交相关材料，填写开户申请书。6、办理进出口权。包括商务部备案，海关登记证，核销，电子口岸，检验检疫许可证等。
至此，上海自贸区注册公司基本完成。此外，注册者在上海自贸区注册公司，还应该对自贸区注册公司的优势有相关了解，具体包括：
1、公司注册时间缩短。在自贸区注册公司的时间已大大缩短，尤其是委托好办易这类专业的代理公司代办，创业者能更加省时省力。
2、贸易自由。企业货物在海外及自贸区之间进出，存储自由，免征收入关税，海关免检。
3、营业自由。自贸区内法规没有规定的业务均可自由行事。
现如今，在上海自贸区注册公司的人越来越多，但自贸区注册公司流程复杂，且对需提交的材料也存在较高要求，因此创业者如需更顺利的注册，可寻求专业的代理公司代办，如好办易专业且有实力，能确保服务品质。
公司组织文件
(1) 百慕大：海外公司的组织文件包括公司大纲和公司章程(Bylaws) 。公司大纲规定海外公司的经营范围条款和权力。公司一般采用百慕大公司法第二条所含的标准经营范围。除非明确规定，否则也将采用百慕大公司法条所含的标准权力。公司大纲需提交公司注册处以备公众查阅。公司章程规定了公司与股东和高级管理人员之间的权利和义务，无须提交公司注册处，公众不能查阅。
(2) 英属维尔京群岛：国际商务公司的组织文件包括公司大纲和公司章程。大纲需包括公司名称、注册地址、注册代理机构的名称和地址、公司目标、资本结构详细情况等。此外还需提交一份公司将不从事英属维尔京群岛公司法5(1) 条所列活动的声明(获得特别许可除外) 。向公司注册处提交大纲进行注册登记时，必须同时提交公司章程，两者都可供公众查阅。
(3) 开曼群岛：公司的组织文件包括公司大纲和公司章程。大纲必须列明公司的名称和注册地址，也可包括公司的经营范围。除非大纲有明确限制，海外公司能行使自然人所能行使的一切权力。如果没有向公司注册处登记公司章程，则使用开曼群岛公司法表格A中规定。公司章程规定了公司与股东和高级管理人员之间的权力和义务。公司章程一般不供公众查阅。
董事、高级管理人员及代表
(1) 百慕大：海外公司的董事不得少于两人。公司可以任命(a) 两名董事，或者(b) 一名秘书和一名董事，或(c) 一名秘书和一名常驻代表，他们必须是常驻于百慕大的个人。上市公司只需要委派一名常驻代表。不允许法人担任公司董事。海外公司必须任命一名总裁和一名副总裁，或者任命一名董事长和一名副董事长。
(2) 英属维尔京群岛：国际商务公司至少要一名董事。董事可以不是英属维尔京群岛居民。允许法人担任公司董事。没有任命某一高级管理人员的明确要求。国际商务公司必须有一家特许注册代理机构。
(3) 开曼群岛：海外公司至少应有一名董事。董事可以不是开曼群岛居民。允许法人担任公司董事。海外公司必须按章程规定配备相应的高级管理人员。
公司注册流程如下：
一、公司名称查名
1.需要多起个名字以备查询。
2.公司名称查询前，需确定公司注册资本、股东姓名及出资比例、公司经营范围。
3.公司查名材料：股东身份证明原件、股东签署的《企业名称预先核准申请书》、委托代理人身份证明。
4.有限公司名称核准时间：上海需五个工作日，外省市需一个工作日。
5.有限公司名称有效期：自取得《名称预先核准通知书》后，名称的有效期为半年；若半年内没有办理工商注册登记，则可以办理公司名称延期，可以再延长半年。
二、公司开户验资
1.开设有限公司临时验资帐户：公司名称被核准后，可以公司临时验资帐户。股东按出资比例将注册资本以现金或转帐的形式打入临时验资帐户。
2.会计师事务所验资：会计师事务所依据银行提供的股东资金进入情况及公司注册相关信息，出具验资报告。
三、办理工商登记（营业执照）
1.办理工商登记所需材料：股东身份证明、公司章程、验资报告、《企业名称预先核准通知书》、股东会决议、公司住所证明等。
2.办理工商登记所需时间：5个工作日。
四、刻章
工商局颁发营业执照后，可刻公司公章、法人章及财务章。
五、办理组织机构代码登记
1.所需材料：公司营业执照复印件、法人代表身份证明复印件、公章。
2.所需时间：1-5个工作日，各地办理组织机构代码的时间不一。
六、办理税务登记
1.所需材料：营业执照、组织机构代码证复印件、公章、公司住所证明、会计人员身份证明、法人代表身份证明等。
2.所需时间：办理税务登记需10-15个工作日；外省市办理税务登记2-3个工作日。